Иоанн Федорович Лебедев родился девятого октября 1869 года в селе Воронцово Егорьевского уезда Рязанской губернии в семье псаломщика. После окончания в 1892 году Рязанской духовной семинарии он был назначен законоучителем в Пожинскую церковно-приходскую школу Егорьевского уезда. В 1896 году Иоанн Лебедев был рукоположен во священника к храму в честь Рождества Христова села Поповичи (впоследствии село Пронюхлово). Также он преподавал Закон Божий в местной церковно-приходской школе, а также в Секиринском и затем Мендюкинском земских училищах. В 1910 году зарайское духовенство избрало отца Иоанна членом правления Зарайского духовного училища. За усердное многолетнее служение Церкви священник Иоанн Лебедев был удостоен сана протоиерея.
В 1929 году советская власть обложила храм большим налогом. Денег у общины не было. Чтобы храм не закрыли, отец Иоанн ходил по селу и сам собирал пожертвования верующих для уплаты налога. Тридцать первого декабря 1929 года помощник прокурора Коломенского округа «за производство сборов с граждан» предложил начать уголовное дело в отношении отца Иоанна. Нашлись лжесвидетели, которые обвинили священника в антисоветской агитации. Вместе с другими священниками Зарайского района протоиерей Иоанн Лебедев был арестован и заключен в коломенскую тюрьму. Третьего февраля 1930 года «тройка» ОГПУ приговорила его к трем годам ссылки в Северный край.
По отбытии наказания отец Иоанн вновь стал служить в храме в селе Пронюхлово. Тридцатого ноября 1933 года его назначили священником еще в одном храме – Богородицерождественской церкви в селе Радушино Зарайского района.
В декабре 1936 года отец Иоанн обратился к председателю сельсовета за разрешением совершить по просьбам верующих в праздник Рождества Христова молебны в их домах. Сославшись на имеющиеся в округе случаи эпидемических заболеваний, председатель сельсовета в просьбе священнику отказал. В августе 1937 года председатель сельсовета был допрошен в качестве свидетеля следователем НКВД. На допросе он рассказал, что священник в ответ на его отказ сказал: «Народ требует, чтобы я ходил с молебнами по домам православных.<…> Против народа вы бессильны, народ идет и пойдет за нами, вы только и держитесь за счет насилия, которому неизбежно придет конец. За ваши бесчинства придется расплачиваться». И действительно поп Лебедев по домам нашего селения с молебнами ходил и говорил: «Я как пастырь свой долг перед вами выполняю честно, несмотря ни на какие противодействия и кары власти; мы уверены в том, что этой антихристовой власти придет конец, терпению народа тоже настанет конец, они за все и за нас мучеников расплатятся».
Двадцатого августа 1937 года священник Иоанн Лебедев был заключен в одну из тюрем Коломенского района. 8 сентября 1937 года «тройка» НКВД приговорила его к расстрелу. Протоиерей Иоанн Лебедев был убит девятого сентября 1937 года на полигоне Бутово под Москвой и погребен в безвестной общей могиле.
День памяти сщмч. Иоанна Лебедева — 9 сентября